明朝建立后，虽然元朝失去了对中原的统治，但仍然统治着广阔的北方草原地区 ，全国许多地区如山西、陕西、四川、云南、贵州等，仍归元朝统治，明朝时刻感到重大威胁。明太祖朱元璋决定北伐蒙古残余势力，明朝政府为了进一步统一蒙古地区，稳定北部边疆，在洪武时期，多次出兵蒙古。先后十三次北伐遁入漠北的蒙元残余势力。
第一次北伐
洪武三年（1370年）正月至十一月，明朝为肃清蒙古胡元残余部队而进行的大规模统一战争。
元惠宗自1368年北逃上都后一直逗留在明的边境地区，并二次南侵以图夺回原来的大都复辟。1369年六月，元惠宗迁都应昌府，和位于燕山的大都不过两三天的马上路程，形成了实在的军事威胁。朱元璋鉴于北宋末年燕山一带在两年之内得而复失的前车之鉴，决定北征消灭北元。
洪武三年（1370年）正月初三日，命右丞相徐达为征虏大将军，浙江行省平章李文忠为左副将军，都督冯胜为右副将军，御史大夫邓愈为李文忠副将，中山侯汤和和为冯胜副将，出兵进攻北元。朱元璋根据当时元惠宗在应昌府，扩廓帖木儿在定西的情况，决定“分兵为二道：一令大将军自潼关出西安捣定西，以取王保保（即扩廓帖木儿）；一令左副将军出居庸关入沙漠以追元主，使其彼此自救，不暇应援。况元主远居沙漠，不意吾师之至，为孤豚之遇猛虎，取之必矣，事有一举而两得者，此是也。”并命大同指挥金朝兴、大同都督同知汪兴祖（即张兴祖）等先期进攻山西、河北北部作为佯攻吸引北元兵力。
二月二十五日，佯攻部队金朝兴一军攻克东胜州（今内蒙古托克托）。三月二十三日，汪兴祖一军攻克武州（今山西五寨）、朔州（今山西朔县）。
三月二十九日，徐达率主力攻到定西，并于四月八日在沈儿峪（在定西北），先是由于胡德济指挥不利，于光战死。后来大败扩廓帖木儿。扩廓帖木儿逃往和林（今蒙古乌兰巴托西南哈尔和林）。四月丙戌，元惠宗因痢疾死于应昌府，终年五十一岁，在位三十六年。其子爱犹识理达腊在和林继位为元昭宗。五月初一日，徐达派邓愈去招抚吐蕃，自己则率主力南攻克陕西略阳、沔州（今勉县）、兴元（今汉中）。五月二十三日，徐达一军回到西安。
另一路李文忠一军出居庸关经野狐岭，在五月初于白海骆驼山击败北元太尉蛮子、平章沙不丁朵耳只八剌，再于开平（今内蒙古多伦西北）击败北元平章上都罕。五月二十一日，李文忠大败应昌府的北元守军，攻克这个一个月前还是首都的北元重镇。在回师途中，李文忠还攻克了兴州（今河北滦平），北元军民3.69万余人投降；在红罗山（今辽宁锦州境内），北元军民又有6000余人投降。十月初六日，北元已无成建制的抵抗，徐达、李文忠等奉命班师回朝，明军第一次北征大获全胜。
明军此次北征，两路皆获大胜，元朝在近塞的残余势力遭到沉重的打击。
第二次北伐
洪武五年（1372年）正月至十一月，朱元璋又对北元进行第二次征伐。又称岭北之战。此战结果，徐达的主力中路军大败，李文忠的东路军得失相当，仅冯胜的西路军获胜。第二次北征以失败告终。
明洪武三年（1370年），明军第一次北征沙漠，将东北方面之元嗣君爱犹识理达腊和陕甘方面的元将扩廓帖木儿压缩到和林（今蒙古乌兰巴托西南之哈尔和林）以北地区，暂时减轻了明朝北边压力（参见明太祖第一次北征沙漠之战）。至明洪武五年初，塞外各地的故元势力，经过年余休养生息，再趋活跃，东自开元（今吉林农安），西至甘肃、宁夏北部以及各塞要地，均为故元势力所控制，且不断南犯。
明朝君臣对故元的态度出现分歧，朱元璋主防，魏国公徐达主攻。经过讨论权衡，朱元璋接受主攻意见，于明洪武五年正月二十二日，命徐达为征虏大将军、曹国公李文忠为左副将军、宋国公冯胜为右副将军，各率兵5万人，分三路出征。朱元璋的作战方针是：以徐达为中路，出雁门关趋和林，扬言急趋和林，实则缓慢进军，诱元军出战而歼灭之；李文忠为东路，出居庸关经应昌（今在内蒙古阿巴哈那儿旗辖境）趋和林，出其不意，攻其不备；冯胜为西路，出金兰（地点不详，疑为金县、兰州之合称）趋甘肃，以疑元军，使其不知所向。
这一战略部署，以中路为正，东、西两路为奇，奇正并用，三路合击。中路军于二月二十九日进至山西境内，徐达以都督佥事蓝玉为先锋，先出雁门关，败扩廓帖木儿游骑于野马川（即胪朐河，也即今克鲁伦河，位于今中蒙边境）。三月二十日，蓝玉又败扩廓帖木儿于土剌河（即今土拉河，位于蒙古乌兰巴托西），扩廓逃去，与元将贺宗哲联合，在岭北（元朝岭北行省，包括今内蒙古东部、北部、黑龙江一部、蒙古和俄国西伯利亚中部的广大地区，这里具体为何地，不详）一线抵御明军。
五月初六日，徐达兵至岭北，轻敌冒进，骤然交战，被元军击败，死万余人，被迫敛军守塞。七月十一日，偏将军汤和在断头山（今宁夏宁朔东北约300里处）败绩，指挥同知章存道战死。西路军进至兰州以后，颍川侯傅友德率骁骑5000败元将失刺罕于西凉（今甘肃武威）。进至永昌（今属甘肃），再败元太尉朵儿只巴于忽剌罕口，获辎重牛马甚众。然后与冯胜主力会师，败元兵于扫林山（今甘肃酒泉北），斩首4000余级，擒其太尉锁纳儿加、平章管著等人，军威大振。
六月初三日，逼降元将上都驴，获吏民830余户。师抵亦集乃路（今内蒙古额济纳旗东南），故元守将伯颜帖木儿举城降，继败元军于别笃山口（地址不详），获元平章长加奴等270人及马驼牛羊十余万头。元岐王朵儿只班遁去。傅友德率兵追至瓜州（今甘肃安西）、沙州（今甘肃敦煌西北），又败元军，获金银印、马驼牛羊2万头而还。
东路军于六月二十九日抵达口温（今内蒙古查干诺尔南），元军闻讯而遁，获牛马辎重无算，经哈剌莽来（今蒙古洪戈尔）至胪朐河。李文忠留部将韩政守辎重，亲率大军轻装急进，在土剌河、阿鲁浑河（即今鄂尔浑河，位于蒙古乌兰巴托西北）一带与元将蛮子哈刺章激战数日，元军败退，获人马以万计，明军亦死伤不少。
李文忠率师追至称海（今蒙古哈腊乌斯湖南，哈腊湖西），元兵复集拒战，李文忠见元军气势甚锐，乃敛兵据险自固并张疑兵，元军惧有伏兵，不敢逼近，遂引军而去。李文忠班师而还。十月二十四日，西路军冯胜班军回京。十一月，因塞外苦寒，一时难以作战，遂令中路军徐达、东路军李文忠班师。
第二次北征中的三路明军，基本是各自为战，没能按照战前制订的策略配合，因此按所遇对手的强弱，命运各不相同。孤军深入到达北元首都和林一带的中路军和东路军都被北元拼死反击而损失很大。此战，主力中路军战败，东路军得失相当，仅西路军获胜，明军失败的主要原因是轻敌冒进及辽东粮食基地依然在纳哈出手中。
第三次北伐
洪武十三年（1380年）二月至三月，朱元璋又对北元进行第三次北征。二月，北元国公脱火赤、枢密知院爱足率领上万人在和林屯扎，怀疑有南侵动向。十一日，朱元璋命令西平侯沐英率其陕西明军进攻北元。 三月二十一日，沐英行军到达灵州（今宁夏灵武），侦察到脱火赤已经到了乃路（今内蒙古额集纳旗东南）。于是沐英急行军七昼夜，渡过黄河，经宁夏翻过贺兰山进行突袭；在距离脱火赤军营50里的地方分兵四路，分别从各个方向乘夜合围攻袭。脱火赤、爱足等遭突然袭击，未经激烈抵抗就被明军俘虏南下。
第四次北伐
洪武十四年（1381年）正月至八月，朱元璋对塞外故元进行的第四次进攻作战。
洪武十四年（1381年）正月，北元平章乃儿不花等南侵明边境。朱元璋命魏国公徐达为征虏大将军，信国公汤和为左副将军，颍川侯傅友德为右副将军率军北征。关于此次北征的战略战术，朱元璋作了如下指示：首先派侦察部队出塞，刺探军事情报，若有埋伏，则诱其深入，待其困疲而反击之；若无埋伏，即以精兵直捣其营。
四月十五日，朱元璋任命魏国公徐达为征虏大将军，信国公汤和为左副将军，颍川侯傅友德为右副将军，分两路出塞北征。东路以傅友德为先锋，在灰山（今内蒙古宁城东南）大败元军，俘获不少元军人畜；又行军到北黄河（即潢河，今西辽河），遇到的北元部队不战而逃，被明军追击，北元平章别里不花、太史文通等被俘。西路军以沐英为先锋出长城古北口（今北京密云东北），攻取高州（今河北平泉境内）、嵩州（可能是指松州，在今内蒙古赤峰市西南）、全宁（今内蒙古翁牛特旗），渡过胪朐河（今中蒙边境克鲁伦河），俘虏北元知院李宣及其部众。八月底，明军北征各部胜利班师。
第五次北伐
第五次北伐，朱元璋对塞外故元进行的第五次进攻作战。明洪武十七年(1384)五月，北元海道千户也先帖木儿于西番反明，明百户刘林率兵往攻，战死。凉州卫指挥宋晟奉命进击，至亦集乃(今内蒙古额济纳旗东南)，大败元兵，执也先帖木儿及吴国公，俘其众近两万。
第六次北伐
第六次北伐，是洪武二十年发动的一场北伐战争，结果是战胜纳哈出，并把辽东纳入明朝势力范围。
北元太尉纳哈出占据松花江以北地区，有部众几十万人，成为明朝在东北的边患。故元太尉纳哈出拥众数十万人，占据松花江以北广大地区，活动于辽东及辽河流域之间，为大明帝国在东北之大患。是年正月初二日，朱元璋命宋国公冯胜为征虏大将军，颍国公傅友德、永昌侯蓝玉为左右副将军，南雄侯赵庸、定远侯王弼为左参将，东川侯胡海、武定侯郭英为右参将，前军都督商焉参赞军事，率师20万人北征故元太尉纳哈出。朱元璋亲自制定此次北征方略：“驻师通州（今北京通县），遣人观其出没。彼若在庆州（今内蒙古巴林左旗索布力嘎），宜以轻骑掩其不备。既克庆州，则以全师径捣金山（今吉林双辽东北），出纳哈出不意，必可擒矣。”并遣投降明廷的原纳哈出部将乃剌吾北还，劝降纳哈出。
二月初三日，冯胜率兵抵达通州，侦知纳哈出分兵屯守庆州，遂遣蓝玉率轻骑乘天大雪出兵，杀其平章果来，擒其子不兰奚，获人马而还。三月初一日，冯胜等率师出松亭关，筑大宁（今内蒙古宁城）、宽河（今河北宽城）、会州（今河北平泉）、富峪（今河北平泉北）4城，驻兵大宁。五月二十一日，冯胜留兵5万人驻守大宁，率大军直捣金山。六月十九日，进至辽河之东，获其屯兵3000余人，马400余匹，进驻金山之西。时乃刺吾亦到达松花河，力劝纳哈出投降。纳哈出心怀二志，犹豫不决，先后多次派使臣赴明军驻地，以献降为名，观明军虚实。在明军大军压境，步步进逼的情况下，纳哈出被迫投降。明得其军民24万余人，羊、马、驴、驼、辎重无数，最后肃清了元朝在辽东的势力。六月底，傅友德以新得到的辽地汉人军士驻守大宁，冯胜等胜利班师。辽东从此成为明朝势力范围，后来成为奴儿干都司的一部分。
第七次北伐
洪武二十一年（1388年）四月，朱元璋对塞外故元进行的第七次进攻作战。
洪武二十年（1387年）九月三十日，朱元璋诏命永昌侯蓝玉为征虏大将军，延安侯唐胜宗、武定侯郭英为左右副将军，都督佥事耿忠、孙恪为左右参将，率军15万人第六次北征北元。
洪武二十一年（1388年）三月，明军行军到达庆州（今内蒙古巴林左旗索布力嘎），侦察到天元帝脱古思帖木儿在捕鱼儿海（今中蒙边境之贝尔湖），决定急行军直扑元帝所在。四月十二日，明军到达捕鱼儿海南岸，探知脱古思帖木儿的营地就在捕鱼儿海东北80余里，于是发动突袭。脱古思帖木儿毫无准备，与其太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十骑匆忙逃走，蓝玉率明军精骑追击千余里也没有追上，但脱古思帖木儿逃脱后不久即被其部将也速迭尔（阿里不哥后裔）缢杀。留在营地的北元太尉蛮子仓卒迎战，失败战死，其余北元贵族投降，其中包括脱古思帖木儿次子地保奴等64人、太子必里秃妃并公主等119人、吴王朵里只、代王达里麻、平章八兰等2994人、军士男女7.7万余人，俘获马4.7万匹、驼4800余头、牛羊10.24万余头、车3000余辆，以及北元宝玺、图书、金银印章等等，北元行政的根基被动摇。四月，明军胜利班师。
第八次北伐
洪武二十三年（1390年）正月至三月，朱元璋对塞外故元进行的第八次进攻作战。
是年，明廷以故元丞相咬住、太尉乃儿不花、知院阿鲁帖木儿等屡为边患，命晋王朱冈、燕王朱棣分兵两路，各率师北征。并以颍国公傅友德为征虏前将军，南雄侯赵庸、怀远侯曹兴为左右副将军，定远侯王弼、全宁侯孙恪为左右参将，督兵从征。敕王弼率山西兵听晋王节制，其余均听燕王朱棣节制。
三月初二日，燕王率军出长城古北口（在今北京密云北），侦知乃儿不花等屯驻迤都（今蒙古苏赫巴托之达里甘戛附近），遂乘大雪直捣其营，攻其不备。三十日，师抵迤都，先派与乃儿不花有旧的观童入营求见，大军进围其营，乃儿不花等被迫投降，悉收其部落数万人、马驼牛羊数十万头而还。晋王率军出塞，不见故元人马而还。
第九次北伐
洪武二十四年（1391年）三月，朱元璋对北元进行第九次北征。由于蒙古各部酋的投降，是继纳哈出势力之溃灭及脱古思帖木儿汗之覆亡而来的大动荡的余波，因此，当这次动荡稍一平息，因安置不当，他们又各自叛去。兀良哈三卫部众也不例外，叛去后，又来进犯明的边境，明朝出动大军征讨三卫地方。
洪武二十四年（辛未，一三九一）春三月，元辽王阿札失理寇边，命颍国公傅友德率列侯郭英等讨之。五月，至哈者舍利王道，友德遽下令班师，敌闻，信之。越二日，忽趋师深入。六月，至黑岭、鸦山等处洮儿河，获人口马匹，驻师金鞍子山。七月，复征黑岭、寒山，至磨鎌子海、兰尖山，追其渠札都，深入黑松林之地野人所居熊皮山。追达达兀刺罕，掩袭其众，大获而还。
第十次北伐
洪武二十四年（1391年）九月，朱元璋对北元进行第十次北征。洪武二十四年八月哈密寇边，命都督宋晟、刘真率师讨之。九月，晟等破哈密，擒其王子别别怯、豳王桑里失哥、知院岳山等，杀其国公阿朶只，俘众一千三百人。二十五年（壬申，一三九二）夏四月，凉国公蓝玉率将士追逃寇祁者孙，遂进征西番罕东之地。五月，蓝玉兵至罕东，遣都督宋晟等徇阿真州，土渠合咎等遁去。
第十一次北伐
洪武二十五年（1392年），朱元璋对北元进行第十一次北征。因杀死脱古思帖木儿后，也速迭儿自称全蒙古大皇帝，遣大将安答纳哈出策反失烈门等人。二十二年，失烈门背叛明朝，袭杀捏怯来，明太祖大怒。
于洪武二十五年（1392年）“脱古思帖木儿为也速迭儿所弑，其部属皆散来附。洪武二十五年，遣将周兴往讨其罪，追至彻彻儿山，大破之。自是，不敢近边者十余年。”先是兴率师至斡难河，转至兀古儿札河。按视安达纳哈出之地，见车马迹，遂追至兀者河，得空车百余辆，将还，适永平卫百户汪广报言：‘哨遇胡兵，与战，败之。追奔八十余里，胡兵弃辎重溃去。’兴乃遣燕山左护卫指挥谢礼率轻骑疾追之至彻彻儿山，又大败之。生擒五百余人，获马驼牛羊及银印、图书、银字、铁牌等物悉送京师。上令择胡兵有可用者，卯罕阿鲁温沙二人赍橹北，还招谕虏将阿札失（叛逃的辽王）等。
第十二次北伐
洪武二十八年（1395年），朱元璋对北元进行第十二次北征。洪武二十八年六月十九日，辛巳，周兴等率师至开元卫，得知西阳哈在黑松林（今巴彦县北境黑山），命令指挥庄德，领吉林船厂舟师顺脑温江（嫩江）下忽剌温戳卢口（少陵河口）。时步军亦进至忽剌江（呼兰河），分为三道，宋晟率指挥钱忠、张玉、卢震军由西北同河（通河县西伯河）至阿阳哈寨，刘真率指挥房宽军，由松花江北岸东南戳卢口至蒙古山寨（今木兰县蒙古尔山）。指挥景诚、朱胜军由中道忽剌温江东北出铜佛寨、者迷河（依吉密河）、黑松林等处。但是，明军扑了个空，西阳哈早已于二月河冻时过松花江。刘真等率兵由斡朵里（今依兰县马大屯）追至甫达迷旧城（今宾县永宁古城），适天雨昼晦，不及而还。获女直镇抚管三并男女六百五十余人，马四百余匹。遣人入奏。
第十三次北伐
洪武二十九年（1396年）三月，朱元璋对塞外故元进行的第十三次进攻作战。
是年，朱元璋获悉大宁卫（今内蒙古宁城）以北有北元军队活动，就命令驻扎在北平（今北京）的燕王朱棣领兵去大宁歼灭之。朱棣行军到彻彻儿山，果然碰到北元军。北元军大败，索林帖木儿等数十人被俘虏。明军骑兵追击到兀良哈秃城，又遇北元将领哈剌兀，再次大败北元军凯旋班师。
明太祖朱元璋的数次北伐沉重打击了元朝的残余势力，在一定程度上减轻了边疆的危机同时又加强了对北方沿线的管理，在天险置亦集乃旧城、者者口守御千户所、东胜卫、开平卫、大宁都司、安东卫、吉林船厂、兀里卫、建州卫等等在很大程度上解除了北部少数民族对中原封建统治的威胁，维护了中央集权，巩固了明王朝的封建统治，为促进明初经济社会的发展提供了稳定的发展环境，但连续的军事行动也消耗了大量的骑兵使得在此后十几年国家一直执行马政及在漠南广置卫所的政策。
