1937年七七事变后，日本展开对中国全面大规模侵略。同年8月13日~11月12日日本侵略军在上海及周边地区展开淞沪会战。战役初期，日军于上海久攻不下，但日军进行战役侧翼机动，11月5日在杭州湾的全公亭、金山卫间登陆，中国军队陷入严峻形势，战局急转直下。

1937年11月8日蒋中正下令全线撤退，四天后上海失守，淞沪会战结束。上海被日本占领后，日军趁势分三路急向南京进犯。

1937年11月20日，中国国民党政府发表《国民政府移驻重庆宣言》，政府机关、学校纷纷迁往内地，很多市民也逃离了南京。

1937年12月1日，日军攻占江阴要塞，同日，日军下达进攻南京的作战命令，南京保卫战开始。

1937年12月2日，江阴防线失守中国海军主力第一舰队和第二舰队在中日江阴海战中被全数击沉，作为南京国民政府唯一一道拱卫京畿的水上屏障失守。

1937年12月10日日军发起总攻，12月12日唐生智下达突围、撤退命令，中国军队的抵抗就此瓦解。

1937年12月13日晨，日军攻入南京城，开始了长达四十多天的南京大屠杀。

大规模集体屠杀

进城兵力约50000人，执行军纪维持的宪兵却仅有17人的日军除了个别地或小规模地对南京居民随时随地任意杀戮之外，还对中国人，特别是解除了武装的军警人员进行若干次大规模的“集体屠杀”。大规模屠杀方法有机枪射杀、集体活埋等，手段极其残忍。

12月15日（日军占领第3天）：已放下武器的中国军警人员3000余人被集体解赴汉中门外用机枪密集扫射，多人当场遇难。负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。12月15日夜，押往鱼雷营的中国平民及已解除武装的中国军人9000余人被日军屠杀。又在宝塔桥一带屠杀3万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。

12月16日（日军占领第4天）：位于南京安全区内的华侨招待所中躲避的中国男女难民5000余人被日军集体押往中山码头，双手反绑，排列成行。日军用机枪射杀后，弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅白增荣、梁廷芳二人于中弹负伤后泅至对岸，得免于死。日军在四条巷屠杀400余人，在阴阳营屠杀100多人。

12月17日（日军占领第5天）：中国平民3000余人被日军押至煤炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院避难的400余中国难民被集体射杀。

12月18日（日军占领的第6天）夜，下关草鞋峡。日军将从南京城内逃出被拘囚于幕府山的中国难民男女老幼共57418人，除少数已被饿死或打死，全部用铅丝捆扎，驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮。事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。此次屠杀仅有伍长德一人被焚未死，得以逃生。大方巷难民区内日军射杀4000余人。

杀人竞赛

1937年12月13日，《东京日日新闻》（即现在《每日新闻》）报道两名日本军官的“杀人竞赛”。日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”，商定在占领南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从句容杀到汤山，向井敏明杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100，“竞赛”继续进行。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。野田谓杀了105人，向井谓杀了106人。又因确定不了是谁先达到杀100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150名中国人。这些暴行都一直在报纸上图文并茂连载，被称为“皇军的英雄”。日本投降后，这两个战犯终以在作战期间，共同连续屠杀俘虏及非战中人员“实为人类蟊贼，文明公敌”的罪名在南京执行枪决。

据1946年2月中国南京军事法庭查证：日军集体大屠杀28案，19万人，零散屠杀858案，15万人。日军在南京进行了长达6个星期的大屠杀，中国军民被枪杀和活埋者达30多万人。

强奸

日军侵占南京期间强奸了成千上万的妇女，他们不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴。有些妇女被日军强奸了好几次，往往有妇女受不住日军的折磨而死。除此之外，日军还强迫乱伦行为。估计当时发生的强暴案可能超过20000宗。   

文化掠夺

中华民族在经历这场血泪劫难的同时，中国文化珍品也遭到了大掠夺。据查，日本侵略者占领南京以后，派出特工人员330人、士兵367人、苦工830人，从1938年3月起，花费一个月的时间，每天搬走图书文献十几卡车，共抢去图书文献88万册，超过当时日本最大的图书馆东京上野帝国图书馆85万册的藏书量。

抢劫纵火

抢劫和纵火造成严重财产损失。南京国际救济委员会的报告称：“南京31%的建筑被烧毁；店铺被毁比例更高；日军损毁及抢劫造成高达1亿法币的直接损失；南京周边公路沿线的农村地区被洗劫几尽，并陷入缺少种子、牲畜、劳力和工具的困境中，播种的粮食作物仅为平常年份的10%。

对于日军在全城纵火造成的严重后果，据国际委员会委员斯迈思所作调查统计：全市房屋，有24%毁于纵火焚烧；城外有62%的房屋被烧毁，通济门外被烧房屋高达78%；在江宁、句容、溧水、江浦和六合（半县）四个半县中，共有30.08万间房屋被毁，占这些地区房屋总数的40%，其中多数是被烧毁的。

1946年2月，南京调查敌人罪行委员会共获得500余份资料，其内容涉及日军在南京的屠杀、伤害、奸淫、劫夺、破坏、强制服役等及中岛、长谷川等29支日军部队罪行总数达295882种。

南京大屠杀案敌人罪行调查委员会从1946年6月起 ，至9月底全部完成，计有确实人证案件2784件，根据调查结果制成被害人伤亡统计表、侵华日军罪行各类统计表、可出庭作证被害人住址姓名表，撰写了南京大屠杀惨案述要，分别供远东法庭和南京国防部军事法庭，作为审讯日本战犯之证据。从调查罪行种类来看，其中枪杀1159件，用刺刀刺杀667件，集体屠杀315件，拉夫285件，烧杀136件，打死69件，先刑后杀33件，先奸后杀19件，炸死19件，强奸16件等。从受害者性别来看， 男性死伤及生死不明者计2292件，女性死伤及生死不明者计478件，性别不明者计14件。在个案调查方面，该委员会提供了较为典型的10名受害者的案例，除庄少德案同南京大屠杀没有关联外，其他9人如柏鸿恩、李秀英、殷有余等均为大屠杀受害者。

遇难人数

1938年3月，汉口的美国刊物提到：“到目前为止，南京的日军至少杀害了8万中国人。”1938年4月魏特琳的记录为：南京的慈善组织红十字会从1月中旬到4月14日，在城区掩埋1793具尸体，其中80%是平民；在城外，掩埋39589具尸体，约2.5%是平民。“

日本外相广田弘毅1938年1月17日在向日本驻美使馆发出训令时，转引英国记者田伯烈的电讯稿。“30万”首次出现在历史文献中。

远东国际军事法庭判决书认定：“被占领后的第一个月中，南京城里发生了将近 2万起强奸案。”“在日军占领后的最初六个星期内，南京城内和附近地区被屠杀的平民和俘虏的总数超过20万人以上。”

南京国防部军事法庭认定：在南京大屠杀中，被害总数共30余万人。

1946年2月15日成立的南京审判战犯的军事法庭认定：日军在南京集体屠杀有28案，屠杀人数为19万余人；零散屠杀有858案，尸体经慈善机构掩埋有15万余具。根据该判决，侵华日军南京大屠杀的人数不低于34万。

纪念日

2014年2月25日， 十二届全国人大常委会第七次会议审议全国人大常委会关于确定中国人民抗日战争胜利纪念日的决定草案和全国人大常委会关于设立南京大屠杀死难者国家公祭日的决定草案。

2014年2月27日，中国十二届全国人大常委会第七次会议表决通过决定，将12月13日设立为南京大屠杀死难者国家公祭日。中国以立法形式设立南京大屠杀死难者国家公祭日，表明中国人民反对侵略战争、捍卫人类尊严、维护世界和平的坚定立场。

2017年2月2日，加拿大安大略省议会正审议将每年12月13日设为南京大屠杀纪念日的法案。报道称，虽然当地的日本文化会馆发起反对法案的签名征集活动。

2017年10月27日，加拿大马尼托巴省议会通过把每年12月13日设为该省“南京大屠杀纪念日”的议案。