1274年（元至元十一年、日文永十一年）和1281年（元至元十八年、日弘安四年）元世祖忽必烈发动的两次侵日战争。1259年（宪宗九年）征服高丽的忽必烈于1268年（元至元五年）命高丽使者携国书赴日，书中要求日本效法高丽来朝“通好”，否则将至“用兵”。日本朝廷祈求神佑，但以“书辞无理”，拒绝接受。幕府执权北条时宗令大宰府备战，加强九州沿海要地的警备。其后忽必烈又两派使者，均遭日本朝廷拒见。1274年忽必烈发动征日战争。

1274年10月3日，任命征东元帅忻都、右左副帅洪茶丘和刘复亨统率蒙汉军2万人、高丽军5000人、水手6700人．计3.23万人从高丽合浦出发。1274年10月5日至14日相继袭击对马、壹岐岛。16日逼近肥前沿海诸岛，使几百名日本武士丧生。19日元军兵船驶进博多湾，翌日登陆。守护少贰经资指挥英勇战斗，但在元军步兵集闭战法和火药武器震天雷的威力下， 日军处于不利地位。由元世祖授命组成的征日元军，是由蒙、汉、高丽三族军队组成的联军。蒙军不但在战斗力，还有战术方面都远远高于日本。据日蒙古型皮铠本史书记载：击鼓鸣锣，杀声震天。日军战马惊恐不安，跳跃打转，当武士拨转马头冲向敌人的时候，已经被敌人射中。蒙古矢短，但矢根涂有毒液，射上既中毒。敌数百人箭射如雨，长柄矛可刺进铠甲缝隙。元军排列成队，有逼近者，中间分开，两端合围，予以消灭。元军甲轻、善骑马，力大，不惜命，豪勇自如，善于进退。大将据高处指挥，进退击鼓，按鼓声行动。在后退时，铁炮中装铁弹，随着火焰喷出，四面烈火，烟气弥漫；其声凄厉，心碎肝裂，目眩耳聋，不辩东西，被击毙者极多。激战至暮，日军撤至大宰府水城。

然而元军虽然在战场上压制了日军，却不擅长山地作战，无法突破九州岛崎岖的地形进入九州腹地。且日军战斗意志顽强，坚决抵抗，给元军也造成了不小损失，刘复亨受箭伤，元军撤至船上。当夜意外台风刮翻元军200多艘兵船，忻都连夜乘剩余船只撤退回国。

自1275年起， 幕府就开始为他们认为不久将进行的第二次入侵做了准备。除了更好地组织起九州的武士外，他们还在很多可能登陆点修建堡垒和其它防御设施，这些登陆点中包括博多港。与此同时，高丽国王多次与元朝谈判，反对进一步的入侵日本计划。而元朝也派遣使者至日本，但日本两次下令将元朝派来的使者斩首。忽必烈非常恼火， 开始积极筹划第二次入侵。

1279年元军征服南宋之后，于1281年春发动了对日本的第二次入侵。元军的这次入侵规模大于第一次，其中由范文虎、李庭等人率领的江南军就有十余万人。元军舰队因供应和人员登载问题而推迟了起航。他们的高丽盟军先行进发，在对马岛惨遭失败而返。同年夏，元军联合高丽人夺取了壹岐岛，向九州进发，并在不同地点登陆。在经历一些独立的小战斗，也就是所谓的弘安之战或“第二次博多港之战”后，元军被赶回了船上。此时一场持续两天的台风，也就是现在非常有名的“神风”，袭击了元军舰队并摧毁了大部分的船只。

关于元军舰队被台风摧毁的原因，有说法认为是因为元军使用的是在内河航行的平底船，采用了当时较为流行的水密隔舱设置，而不是在海洋上航行的海船。 而之所以如此，是因为由于元朝蒙古统治者在中国及高丽的残酷压迫，导致两地（高丽与中国南方沿海）对于造军船很反感，造船的汉人和高丽人故意使用错误的船型，而蒙古人对航海又一无所知；又或者忽必烈攻日太过仓促，未有充分准备海船，造船人只得在匆忙间敷衍了事。不过具体原因尚无定论。

但是需要确定的是，虽然元军遭遇了台风，但是台风发生时，并不是所有的元军都在船上，绝大部分屯驻在平户岛、鹰岛等九州岛西北部的岛屿进行休整，准备向东移动，袭击太宰府。

实际上元军对日军的作战非常不利，在台风发生之前，日军就在壹岐岛之战中打败了元军，逼迫元军东路军放弃壹岐岛，南下平户岛与主力会合。日军主帅少贰资能取得胜利之后，因为战伤而死亡。国内某些文章，宣扬说元军打败日军，击杀日军统帅少贰资能，这是不对的，少贰资能是在胜仗当中身亡。

台风发生后，元军溺死不少，物资损失严重，士气也暴跌。但大部尚存。少贰资能之子少贰景资率领数万九州军，水陆结合，对剩余的援军发起迅猛打击，运用主场优势各个击破，元军除了范文虎、忻都等人率领少量士卒逃回之外，都被歼灭或俘虏。

当战争结束时，宇都宫贞纲率领的西国援军（号称六万，实际兵力三万不到）尚在路上，未能赶到。则少贰资能、少贰景资父子打败元军是以少胜多无疑了。

忽必烈于1286年试图再次入侵日本，但因同时在南方发动的对越南陈朝的进攻受挫造成国力匮乏而作罢。