元代时的泉州外国侨民中以信仰伊斯兰教的阿拉伯人和波斯人势力最大，人口最多。 元朝歧视性的民族政策将民众分为四等，包括阿拉伯和波斯穆斯林在内的泉州番人作为色目人，等级要高于被列为最低等级（第四等）南人的当地汉族闽南人，因而番人得到了元朝国家政策的大力扶持，势力庞大。 这些穆斯林商人中有不少是泉州的巨富，比如蒲寿庚家族在南宋末年到元朝初年期间主持泉州市舶司，家产不计其数，其仆人就有数千。 到了元朝末年，由于局势动荡，各地民众起兵反元的事件非常频繁，福建同样也是叛乱频发。当时福建各地的豪强家族纷纷成立了乡族武装——“义兵”，并逐步控制了许多地方政权，还协助元朝政府对叛变的农民武装进行镇压。而泉州的波斯族色目人也组织了亦思巴奚军作为他们的义兵组织，其将领为赛甫丁和阿迷里丁。 由于波斯人是泉州城内人口较多、势力较强的一个民族，拥有大量的富商，因而亦思巴奚军在其支持下成为泉州最强大的武装，而波斯人借亦思巴奚军的力量逐渐掌控了泉州，使得元朝失去对泉州的实际控制权。 

元朝实行民族歧视政策，以掩盖阶级压迫政策。他们把全国各族人民分为四等：第一等蒙古人，第二等色目人，第三等汉人，第四等南人（南方汉人）。给蒙古人、色目人以优越的政治特权，从中央到地方乡里，都优先擢用上述两种人。泉州是“南人”住居区，所受的民族歧视和阶级压迫更甚。

第一阶段：至正十七年（1357年）到至正二十一年（1361年），波斯人、义兵万户赛甫丁与同为波斯人、可能也是义兵万户的阿迷里丁，在泉州发动兵乱。

第二阶段：至正二十二年（1362年）到至正二十六年(1366年)，掌握泉州市舶的那兀纳勾结蒲寿庚的后代，在泉州发动第二次兵乱。

赛甫丁、阿迷里丁掌权阶段

战乱的第一阶段是以赛甫丁、阿迷里丁为主导的亦思巴奚军占据泉州、攻占福州以及参与兴化、惠安一带宗族的内战，时间为1357年至1362年间。

占领福州

1359年（至正十九年）正月，安童和三旦八将原兴化路自立为兴化分省，下辖莆田县、仙游县、兴化县一共三县，由安童任参政、三旦八任平章，扩军备战。二月，赛甫丁也率亦思巴奚军北进福州，经过兴化时与三旦八的部队会合，两军共计数千人共同北上。赛甫丁还留下一支小股部队驻守兴化，与镇守兴化的安童部队协同防守。此时，亦思巴奚军和兴化的安童、三旦八仍是同盟的关系。北上的泉州、兴化联军顺利的攻下福州，扶持普化帖木儿控制了省城福州的大权。而赛甫丁则率这一部的亦思巴奚军长期驻守在福州。

阿迷里丁进攻兴化

1359年亦思巴奚军北上取福州的同时，留守兴化的那支亦思巴奚军却与安童的兴化部队发生了矛盾，起因是安童麾下的兴化兵对亦思巴奚军表示不服并常常进行挑衅。留在泉州的阿迷里丁得知情况之后，就佯称北上支援福州，在至正十九年（1359年）三月率泉州的亦思巴奚军主力北进，在经过兴化路城的时候准备趁机将其占领。安童了解到阿迷里丁的企图，便采纳漳州总管陈君用等人的计策，关闭兴化城门并在城头驻兵、在西门外聚集乌合之众佯作军队，试图以此阻吓亦思巴奚军。当时尚在福州的三旦八连忙赶回兴化，在城外劝阿迷里丁退兵，但反被拘禁。随后，阿迷里丁开始强行攻城，纵火焚烧城门，而安童守军则在城上用水灭火，双方用弓箭互射，僵持了一天不分胜败。第二日，亦思巴奚军从城西发动进攻，先用弓箭手射退靠近山丘较矮的城墙上的守军，再由数百名士兵攀墙而上，一举攻陷了兴化路治莆田城，并纵兵屠杀抢掠莆田县近一个月，其间兴化各地乡族纷纷组织武装以进行防御。

莆田城破之时安童成功逃到仙游，但他的妻子和财产都被亦思巴奚军获得。不久，安童又在兴化县龙纪寺重新组织部队进行反攻，而亦思巴奚军也因为莆田当地民众反抗而缺少支持，到了四月，阿迷里丁就带领俘获的三旦八、安童的妻子和强掳来的兴化男性人口回到泉州。还有一种说法称莆田民众不堪亦思巴奚军骚扰而群起反抗，阿迷里丁只得在夜间逃回泉州。亦思巴奚军撤走后，原兴化路同知惠安人柳伯祥进入莆田城安置百姓。

兴化内战

亦思巴奚军退出兴化后，兴化即陷入内战，各政要和豪强家族相互攻伐。1360年（至正二十年）正月，兴化路推官、莆田县莆禧人林德隆率乡兵从黄石出发，攻占了路城莆田，将时任府判的柳伯祥驱逐，而与柳伯祥同为惠安人且有联姻关系的豪族陈从仁则率其乡兵从另一个方向进入莆田。由于两派势力都很强大，兴化分省长官苫思丁就将二人都授与官职，陈从仁在当年秋季被任命为兴化路同知，而林德隆则在冬季被任命为兴化路总管，二者手中都有军队。林、陈二人矛盾日益加深，到了1361年，陈从仁和他的弟弟陈同（一说为其侄儿）与苫思丁联手对林德隆发动袭击，以图谋不轨的罪名将其逮捕入狱，并暗中用沙袋压死，对外宣称林德隆是病死的，还将他的尸体焚毁，并派兵把林德隆的财产瓜分。林德隆的长子林珙（也做林琪）逃往福州、求援于赛甫丁，次子林许瑛（也作林瑛）则逃到泉州求援于阿迷里丁，两人都答应帮助林家，于是数次派使者到兴化，要求苫思丁惩办陈从仁。得到亦思巴奚军支持后，1361年（至正二十一年）四月，林珙率其乡族民兵进驻湖头等地，阿迷里丁又派兵进攻惠安一带的陈同部队，二者一南一北形成夹击。苫思丁慑于亦思巴奚军的强大，只好与之密谋，在兴化分省的后堂诱杀陈从仁，并以图谋不轨的罪名肢解了陈从仁的尸体。此时阿迷里丁的部队已经到达仙游县枫亭镇，而林珙部队也进抵黄石，苫思丁就将陈从仁的首级和手臂分别送至两军，二者方才退兵。而驰援来救陈从仁的陈同在莆田城南门外听闻陈从仁的死讯后，便逃往漳州投奔漳州总管罗良。亦思巴奚军随后护送林珙到兴化继任其父的兴化路总管职务。不久后苫思丁调回福州，元朝政府派遣参政忽都沙、元帅忽先管理兴化分省。

陈同在漳州得到罗良的支援，后又潜回惠安联系姑父柳伯顺（柳伯祥之弟）。1361年六月，陈同带领漳州援兵乘船由海路抵达家乡惠安，并攻下惠安县城，在杀死县吏后，强迫惠安县民众入伍，并和柳伯顺的民兵部队联手出兵兴化，为陈从仁复仇。陈、柳联军不久就在仙游枫亭击败了刘希良、林子敬、陈县尉等人率领的林珙军，并由柳伯顺及其麾下的杨九、黄国辅一路追击到莆田吴山、下林等地，沿路多有烧杀行为发生。为了顺利攻下莆田城，陈、柳方面利用了兴化路掌握军权的忽先和掌管政务的忽都沙之间的矛盾，暗通忽先，在七月时里应外合攻陷莆田城，由杜武惠、胡庆甫、林全、李德正等部将带兵由莆田西门进城，胁迫忽都沙交出政权、并下令莆田军民讨伐林珙。随后，林许瑛再度逃往泉州求援，阿迷里丁派扶信率领亦思巴奚军于八月猛攻莆田，驱走了柳伯顺。九月，亦思巴奚军进城并迎林珙回城，扶信自称元帅，林珙自称总管（也有说以林瑛为总管的）。而柳伯顺则逃往兴化县、忽先逃回福州。另一路亦思巴奚军在麻哈谋带领下攻占仙游，胡兴祖、上官惟大则进兵兴化县进攻柳伯顺，至此，战火烧至兴化路全境。

那兀纳掌权阶段

战乱的第二阶段是那兀纳通过兵变取代阿迷里丁而占领泉州，并割据泉州直至被陈友定的军队消灭。

那兀纳兵变

扶信率亦思巴奚军主力北上进攻兴化之后，泉州城防守变得空虚，到了1362年（至正二十二年）二月，原泉州市舶司提举、蒲寿庚的孙婿、逊尼派穆斯林那兀纳趁机发动兵变，袭击并杀死了阿迷里丁，并在泉州大肆搜捕阿迷里丁的亲信党羽，将亦思巴奚军置于自己的控制之下，成为了泉州的统治者。而当时带兵在兴化的扶信只得到福州投靠赛甫丁，而赛甫丁仍然扶持林珙为兴化总管。

到了1362年4月，元朝委任燕只不花接替调往江浙的普化帖木儿任福建行省平章政事，但驻守福州的赛甫丁却紧闭城门、拒绝让燕只不花进入。燕只不花于是调集包括陈友定的部队在内的福建各路兵马合攻福州，林珙的兴化军队也在征召之列，但林珙借故推脱，燕只不花就调江西行省左丞余阿里到兴化负责防御事宜。屡败赛甫丁，并将福州城围困长达三个月，赛甫丁最终接受调停，率军登船从海路离开福州回到泉州，而福建行省参政观音奴还在赛甫丁和扶信上船之后袭击尚未登船的亦思巴奚军士兵数百名，赛甫丁从此失势。

那兀纳对泉州的统治

那兀纳在泉州用残忍的方法统治和搜刮人民，甚至用强夺的方式敛财，并将许多抗拒的民众杀死，借此得以聚敛大量财富，他把泉州所有的非蒙古人的官员全部驱逐，还从民间遴选了大批女子作为他的妻妾，以观看这些女子捡取他撒于楼下的金豆为乐。他还兴建了极为华丽的清真寺，将搜到的财物积存于寺中，生活骄奢淫逸。政治上，那兀纳一开始与福州的燕只不花有着一定的默契，以此对抗其他势力，甚至抵触元朝中央政府。1364年至1365年，元朝政府设置兴化分省、兴泉分省和泉州分省的计划都被那兀纳和燕只不花破坏，1365年（至正二十五年）十月，那兀纳甚至直接和奉元朝皇太子之命从大都来福建设置兴化、泉州分省的福建行省左丞观孙发生冲突，阳奉阴违，拒绝服从元朝中央政府的命令，最后逼迫观孙离职。

兴化内战渐息

在兴化的问题上，那兀纳延续了阿迷里丁对抗陈同、柳伯顺家族武装的政策。泉州那兀纳兵变发生之后，柳伯顺和陈同又于1362年（至正二十二年）三月伺机发动反攻，分别攻克兴化县和仙游县，柳伯顺又强迫兴化县民众入伍，准备和陈同夹攻莆田城，但陈同爽约，柳伯顺部队只得单独进攻莆田城宁真门，守城的林珙方面军心畏惧、陷入困境。这时恰逢亦思巴奚军的两个骑兵从泉州抵达莆田，林珙就利用这两位番军骑兵打头阵，率领莆田军队出城迎战，谎称是泉州亦思巴奚大军来援。柳伯顺的部队信以为真，准备不足，因而大败而归，士兵阵亡上千人。当年六月，柳伯顺再次驱遣兴化县民兵进攻莆田县，但再次惨败，损兵上千。由于两次进攻莆田的企图都告破灭，柳伯顺便领兵盘踞在兴化县，不轻易出击

燕只不花占领福州后，委任余阿里到莆田城管理兴化分省，不久，又由参政郑旻接替余阿里。郑旻着手调解林、陈两家的世仇，终于让林珙离开莆田城，返回其家乡莆田县莆禧，并让陈同、柳伯顺停止军事行动。虽然停火，但兴化路依然形成了四分的局面，柳伯顺割据兴化县、陈同盘踞在仙游县、林珙和林许瑛则拥有莆田县的新安里、合浦里等十几个里，而郑旻所管辖的兴化分省实际上只控制着莆田城及附近几个里的很小的范围。

虽然林、陈两家族停火，但在仙游县却又有新的家族武装冲突发生。1362年五月，在陈同和柳伯顺发动对林珙的反攻之后，又率领一千多士兵进攻仙游谢岩的豪族谢必恭家族，以报复当初谢氏家族拒绝兵败的陈、柳二人借兵借粮的请求。陈、柳军队顺利攻下谢岩，并劫掠了谢家的人口、财产，焚毁其房屋。为了报仇，谢必恭于1362年十一月从尤溪县招募一百多名亡命之徒进攻陈同辖下的仙游县，但在龙华寺被镇抚詹伯颜所击败。一年之后的1363年十二月，谢必恭又联合土官郑深甫、钱鉴等率领两百多名尤溪民兵从九座山间道进攻仙游县，柳伯顺亲自率领部队在廉洁里击败谢氏军队，并追击到柘山、俘获了谢必恭，最后在龙华寺将谢必恭毒死。

那兀纳进攻兴化

1363年十一月，那兀纳派遣部将博拜（又作白牌）、大阔先攻陷陈同据守的惠安县，然后又攻陷了仙游县以搜捕陈同，并将军队驻扎于枫亭，之后继续向兴化县的柳伯顺进攻，兵临龙纪寺，在搜索柳伯顺无果之后返回，驻扎在枫亭。1364年正月，那兀纳指责兴化分省长官郑旻串通陈同、柳伯顺，因而引兵进逼兴化路城莆田，在撤换官员、杀死柳伯顺所派的官吏之后，才在福建行省左右司员外郎德安的要求下于二月撤军。1365年三月，福建行省左丞贴木儿不花被委任主持兴化行省，前摄分省事郎中德安作为他的参赞，这一安排再次引发那兀纳的不满，他以追取军储为借口派泉州官员和其麾下的湖州左副奕军三百人进入莆田城，横行内外，最后逼帖木儿不花回到福州，而德安则以郎中之职留在兴化，这时那兀纳方才撤军。十一月，元朝皇太子再度派前左丞观孙前往兴化、泉州负责分省事宜，但福建行省平章燕只不花为阻止元朝中央政府的插手，暗地里命令兴化的德安想方设法拒开观孙。于是德安召集了大量民兵，连同福建行省派来的孟孙两同佥兵合力据守兴化。为了增强实力，德安又向泉州那兀纳求兵，于是那兀纳就派通事哈散、惠安县尹黄希善带领正规军和民兵部队进抵莆田城下，这时哈散又想赶走两同佥兵，于是双方爆发冲突，同佥兵击溃了泉州部队。因为害怕亦思巴奚军的报复，莆田全城百姓连夜逃走，连德安也在次日离开。不久，哈散、黄希善、马合谋、白牌就带领亦思巴奚大军入城，又还纵兵抢劫涵江、江口、新岭，甚至把战火烧到了福清的蒜岭、渔溪、宏路一带，所到之处烧掠一空，这些行为引发了兴化人对亦思巴奚军的强烈仇恨。同时，陈同和柳伯顺开始转向福建行省政府寻求支持，行省派兵进驻常思岭，并派左丞郑旻、郎中易里雅思劝白牌等将军退兵，但白牌等拒绝服从行省命令，直到那兀纳下令撤军，才率部返回泉州。

1366年正月，白牌、金阿里等又率领亦思巴奚军攻陷兴化县、仙游县进行杀掠。此时，连林珙也开始与陈同、柳伯顺和解，决定共同对抗那兀纳，1366年二月，林珙、柳伯顺联兵，派李佛保、许应元突袭并攻占了亦思巴奚军哈散、黄希善占据的莆田城，杀死数十名番兵、俘获哈散并押往林珙所在的莆禧处决，又派杜武惠胁迫一千名民工修筑涵头寨。仙游的白牌、马合谋在听说路城失守后就撤回泉州。那兀纳随后出兵反击，于三月由枫亭经沿海一线北上，亦思巴奚军在博拜、麻哈谋、金阿里等率领下再度占领兴化、仙游两县，并在吴山向林珙发动进攻。林珙据守蛎前寨，而林许瑛则由海路增援，但白牌、马合谋、金阿里在海上大败林许瑛部队，并进兵攻陷莆禧，缴获了林许瑛的妻子和财产，并将林氏的祖坟、房产、营寨全部毁掉，还在笏石以南两半岛的新安、武盛、奉国、醴泉、合浦一带烧杀抢掠。孤立无援的林珙只得撤退。

结果

亦思巴奚军发动内乱、对抗福建行省的行为迫使行省官员决定完全消灭那兀纳势力。1366年三月，白牌、马合谋、金阿里转攻柳伯顺镇守的莆田城，进兵熙宁桥，包围了莆田东南西北四门，只有宁真门没有遭到进攻，莆田形势危急。早先曾在闽西与红巾军作战的陈友定的精锐部队接到福建行省的命令，被调往兴化增援柳伯顺部。陈友定派遣其子陈宗海率军于1366年四月连夜从宁真门潜入莆田城，并在次日从西门、南门出城对围城的亦思巴奚军发动进攻，这批训练有素的正规军迅速击溃了亦思巴奚军，在这场战斗中，亦思巴奚军有数千名士兵阵亡，白牌、马合谋、金阿里也被俘杀，剩余的士兵疲于奔命，却在沿途不断受到对其恨之入骨的兴化农民的袭击，最终仅有4名骑兵回到泉州。

莆田之战获胜后，陈宗海立即着手组织对泉州的总攻。五月，陈宗海调发元朝水陆两路军队，水路部队由林珙带领，而陆军在柳伯顺部队配合下由北面向那兀纳的大本营泉州发动进攻，而那兀纳则强征民众入伍，以抵抗元朝军队。陈宗海军的监军陈铉原是泉州洵美场司丞，他暗中联络晋江县尉龚名安、千户金吉等人做接应。金吉也是色目人，属于什叶派穆斯林，因而对逊尼派的那兀纳有不满。在泉州之战开始后由龚名安率水军进入东山渡，并引导陈宗海的水军进攻泉州城，而金吉则在城内打开城门迎接。在里应外合之下，那兀纳最终兵败被擒，并被押往大都（也有说押往福州的）。亦思巴奚兵乱以元朝政府军成功镇压亦思巴奚军，平息兴化、泉州一带的战乱并重新控制泉州而结束。

影响

持续10年的“亦思巴奚战乱”，严重地破坏了福、兴、泉沿海一带的社会秩序、经济生产和人民生活，泉州地区受害尤为严重。