宣和二年，宋徽宗下令停运花石纲，又以童贯为江浙宣抚使﹐谭稹任两浙路制置使。

宣和二年十一月二十二日方腊贼军在青溪县息坑（今浙江淳安西）全歼两浙路常驻官军五千人，兵马都监察颜坦被杀，继续攻陷青溪，俘获县尉翁开，十二月初﹐克睦州，又下歙州，直趋当时花石纲指挥中心的杭州。处州霍成富、陈箍桶等人皆加入战局，衢州摩尼教的组织亦起兵响应。方腊军在极盛之时建立了包括江蘇、浙江、安徽、江西的六州52县在内的政权，在当时对宋朝威胁极大。

宣和二年（1120）十月初九，方腊假托“得天符牒”，率领农民，杀死方有常一家，以帮源峒为据点，聚集贫苦农民，号召起义。

在誓师时，他悲愤交集地控诉：“今赋役繁重，官吏侵渔，农桑不足以供应。吾侪所赖为命者漆楮竹木耳，又悉科取，无锱铢遗。”“且声色、狗马、土木、祷祠、甲兵、花石靡费之外，岁赂西、北二虏银绢以百万计，皆吾东南赤子膏血也！”“独吾民终岁勤动，妻子冻馁，求一日饱食不可得，诸君以为何如？”他估计当时形势，指出：“东南之民，苦于剥削久矣，近岁花石之扰，尤所弗堪。诸君若能仗义而起，四方必闻风响应，旬日之间，万众可集。”“我但划江而守，轻徭薄赋”，“十年之间，终当混一矣！”在方腊的号召下，青溪远近的农民闻风响应，很快发展到上万人。　十一月初，义军尊称方腊为“圣公”，改元“永乐”，置将帅分为六等，头扎红巾等各色头巾作为标志，建立农民政权。二十二日，起义军在青溪县息坑（今浙江淳安西）全歼两浙路常驻宋军五千人，击杀该路兵马都监蔡遵、颜坦。随后，乘胜进取青溪县，俘获县尉翁开。十二月初，攻克睦州，占据寿昌、分水、桐庐、遂安等县。不久，向西攻下歙州，全歼宋东南第三将“病关索”郭师中部，东进攻克富阳、新城，直趋杭州，以“杀朱”相号召。杭州是两浙路的首府，又是造作局所在地，花石纲指挥中心之一，聚集着大批官吏和富商、地主。

二十九日，起义军攻入杭州，杀死两浙路制置使陈建、廉访使赵约，知州赵霆逃走。积怨已久的群众，在杭州捕捉官吏，发掘蔡京父祖坟墓，暴露其骸骨。起义军获得广大农民的热烈拥护和响应。苏州石生，湖州归安县（今浙江吴兴）陆行儿，婺州兰溪县灵山峒（今浙江兰溪西南）朱言、吴邦，永康县方岩山（今浙江永康东）陈十四，处州缙云县（今属浙江）霍成富、陈箍桶等，纷纷领导当地农民，参加起义。台州仙居县吕师囊，越州剡县（今浙江嵊县西）裘日新（仇道人），衢州郑魔王等领导当地摩尼教秘密组织起兵响应。湖、常、秀等州农民，也“结集徒众”，准备攻打州县。各地农民望见义军的旗帜，听见鼓声，就跑来迎接。参加义军的更是“项背相望”。

义军骤然兴起，切断了宋王朝的经济命脉，宋徽宗等惊恐万状。他们一面急忙撤销苏、杭造作局和停运花石纲，罢黜朱勔父子兄弟的官职，妄图松懈义军的斗志；一面派童贯任江、淮、荆、浙等路宣抚使，谭稹任两浙路制置使，调集京畿的禁军和陕西六路蕃、汉兵十五万，南下镇压起义。宣和三年正月，童贯、谭稹分兵两路，由王禀、刘镇等分别率领，向杭州和歙州进发，企图在睦州会合。

同年正月，方腊派遣方七佛领兵北伐，一举攻下崇德县，进围杭州东北的秀州（今浙江嘉兴），并分兵进入湖州（今浙江吴兴）境内。正值王禀率领东路宋军从北而来，方七佛义军迎战，不胜，退守杭州。同时，方腊率领主力南征，相继攻下婺（今浙江金华）、衢（今属浙江）两州。义军别部北上攻克宣州宁国县（今安徽宁国西南），进围广德军（今安徽广德）。史称义军先后攻下六州五十多县，包括今浙江省全境和安徽、江苏南部、江西东北部的广大地区。

义军秀州之战失利，杭州失去屏障。二月，宋军包围杭州，义军经过苦战，因粮尽援绝，被迫退出杭州。杭州失守，革命形势急转直下。三月初，义军再次进军杭州，不胜。宋军杨可世、刘镇部攻陷歙州，王禀部攻陷睦州。四月初二，衢州失守，义军将领郑魔王被俘。十七日，婺州失陷。十九日，王禀部攻陷青溪县。方腊带领义军退守帮源峒。王禀、刘镇等各路宋军会合，层层包围帮源。二十四日，宋军发动总攻。义军腹背受敌，奋起抵抗，七万多人壮烈牺牲。方腊及其妻邵氏、子方亳（二太子）、丞相方肥等三十多人力竭被俘，解往汴京，八月二十四日英勇就义。

方腊被俘后，义军各部继续转战浙东各地。童贯派郭仲荀、刘光世、姚平仲等领兵分路镇压。五月，台州仙居县义军由俞道安带领，从温州永嘉县楠溪攻占乐清县，义乌县义军据天仙峒，寿昌县义军据月溪峒，与宋军激战，天仙峒、月溪峒相继陷落。兰溪县灵山峒义军胡姓、祝姓二将与宋军刘光世部奋战，胡、祝等一千六百多人战死。越州剡县裘日新与宋军姚平仲部作殊死战，裘日新在桃源（今浙江嵊县南）战败牺牲。闰五月，宋军姚平仲部攻陷台州仙居境义军据点招贤（今浙江临海西）等四十多峒。方五相公、方七佛部义军接连失利。六月，仙居义军吕师囊转移至黄岩，宋军折可存部自三界镇追击。义军扼守断头山。宋军以轻兵从山后偷袭，义军战败，吕师囊等三十多名首领牺牲。七月，俞道安部义军从乐清攻打温州，战斗三十多天，不下，转入处州境。十月，俞道安在永康县山区被宋军包围，英勇战死。此后，义军余众在各地继续坚持战斗，直到宣和四年三月，才完全被宋军镇压下去。这场战乱给两浙路人口带来重大损失（“凡破六州、五十二县，戕平民二百万。所掠妇女，自贼洞逃出，裸而缢于林中者，相望百馀里。”（《续资治通鉴》））。